Syarikat penerbangan ini ditubuhkan pada Tarikh 13 September 1994, [5] dan memulakan operasi komersial pada Tarikh 9 November 1995, dengan penerbangan dari Makau ke Beijing dan Shanghai . Sebelum Tahun 1995, tidak ada perkhidmatan udara ke Makau sejak Tahun 1962 selain dari perkhidmatan helikopter. Perkhidmatan pesawat laut disediakan oleh Syarikat Pengangkutan Udara Macau dari Tahun 1948 hingga 1961. Perkhidmatan satu pesawat antara Beijing, Shanghai dan Taipei (Taiwan) bermula pada Tarikh 8 Disember 1995. Perkhidmatan muatan pertama yang Murni dilancarkan pada Tarikh 7 Oktober 2002, antara Taipei (Taiwan) dan Shenzhen melalui Makau.

Pada Tahun 1999 syarikat penerbangan itu mempunyai 1.1 juta penumpang setiap tahun, dengan 80% daripadanya berasal dari dua bandar di Republik China di Taiwan iaitu : Kaohsiung dan Taipei . [6]

Pada Tahun 2006 Syarikat Penerbangan Air Macau dimiliki oleh China National Aviation Holding (51%), TAP Air Portugal (20%), STDM (14%), EVA Air (5%), pemerintah Makau (5%) dan pelabur Makau (5 %). [3] Ia mempekerjakan sebanyak 1.245 kakitangan (pada Mac 2016).  Pada Tahun 2009 dua syarikat yang dikendalikan oleh Edmund Ho, Ketua Eksekutif Makau menjual gabungan 1,25% saham kepada Syarikat Penerbangan Air China dengan jumlah yang tidak didedahkan oleh mana-mana pihak. [7] Pada Tahun 2010 Syarikat Penerbangan TAP menjual bahagiannya kepada Syarikat Penerbangan Air China . [8]